تأسست كلية الهندسة بالجامعة الإسلامية بموجب قرار مجلس التعليم العالي (10/5/1430 هـ) في اجتماعه (55) تاريخ 19/7/1430 هـ حيث تم إقرار خمسة برامج أكاديمية
وتمت موافقة خادم الحرمين الشريفين , رئيس مجلس الوزراء ، رئيس مجلس التعليم العالي الملك عبدالله بن عبدالعزيز - رحمه الله - على قرار الاجتماع بموجب مرسومه الملكي 4465 / م ب بتاريخ 28/5/1431 هـ
كانت البداية الفعلية للبرامج الأكاديمية من خلال ثلاثة برامج في العام الجامعي 1434/1435 هـ. انظم لكلية الهندسة 66 طالباً من جميع أنحاء العالم في العام الجامعي 1433/34 هـ