تتولى إدارة المركز الإشراف على أعمال المركز ووحداته، وتنسيق الجهود المرتبطة بالتعليم الإلكتروني، ومتابعة تنفيذ الخطط والمبادرات ذات الصلة، بما يسهم في تطوير جودة الخدمات والبرامج التعليمية الإلكترونية بالجامع، ويتبع إدارة المركز كل من الوحدات التالية:
وحدة متابعة المشاريع والعقود
تتولى متابعة تنفيذ المشاريع والمبادرات المرتبطة بالتعليم الإلكتروني، والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، ومتابعة الالتزامات التعاقدية ونسب الإنجاز، بما يضمن تحقيق المستهدفات وفق الخطط المعتمدة.
وحدة التسويق
تتولى التعريف ببرامج وخدمات التعليم الإلكتروني ومبادرات المركز، والمساهمة في إبرازها والتواصل بشأنها من خلال القنوات المعتمدة بالجامعة، بما يعزز حضور التعليم الإلكتروني واستقطاب المستفيدين.
وحدة خدمات المستفيدين
تتولى تقديم الدعم والإرشاد للمستفيدين من خدمات التعليم الإلكتروني، واستقبال الاستفسارات والملاحظات، والتنسيق مع الجهات المختصة لمعالجة الطلبات وفق الإجراءات المعتمدة.
وحدة تقارير الأداء
تتولى إعداد ومتابعة تقارير الأداء المرتبطة بأعمال المركز، وتجميع وتحليل البيانات والمؤشرات ذات الصلة، ودعم الإدارة بالمعلومات اللازمة لمتابعة مستوى الإنجاز وتحسين الأداء.