أنشئت عمادة البحث العلمي بالجامعة الإسلامية بموجب قرار المجلس الأعلى للجامعة رقم 161 في دورته الرابعة عشرة المنعقدة في 27ـ 28 من شهر ربيع الأول لعام 1404هـ، والذي نص على إنشاء مركز للبحث العلمي بالجامعة، وكان إنشاء هذا المركز يهدف إلى الإسهام في إغناء البحوث والدراسات العلمية الإسلامية والعربية وإحياء التراث الإسلامي، وكان هذا المركز يتكوَّن من عدد من الأقسام، هي: قسم التأليف، قسم التحقيق، قسم الترجمة، قسم النشر، قسم المكتبة والتوثيق، والشؤون الإدارية والمالية.
وفي عام 1419هـ صدرت الموافقة السامية على قرار مجلس التعليم العالي والجامعات بتحويل مركز البحث العلمي بالجامعة الإسلامية إلى عمادة للبحث العلمي. ولم يكن هذا التغيير مجرد تغيير للأسماء وإنما كان نتيجة تطور في المهام وتوسُّع في المسؤوليات التي أضيفت إلى العمادة، فقد استحدثت العمادة بعض الأقسام مثل قسم العلاقات العلمية، وقسم الإصدارات.