تم إنشاء قسم الرياضيات مع كلية العلوم في الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة مع بداية العام الدراسي 1433 ھ، ومن حينها بدأ القسم مسيرة العلم والبحث العلمي و كرافد للأقسام العلمية الأخرى بالكلية وبالإضافة للأقسام المختلفة في كلية الحاسب الآلي وكلية الهندسة.