بناءً على اهتمام ادارة الجامعة بالراقبة الداخلية على جميع المواد سواءً داخل المستودعات أو بعد استلامها بالمواقع والإدارات والأقسام هي الوسيلة التي يمكن من خلالها توفير احتياجات الجامعة من المواد والأصناف في الوقت والمكان المناسبين بأقل كلفة ممكنة تم إنشاء إدارة مراقبة المخزون بالجامعة الإسلامية بالقرار الإداري رقم ( 3038 ) وتاريخ19/7/1429هـ والقاضي بإنشائها حيث تتبع الإدارة المالية للشؤون الإدارة والمالية واستكمال الإجراءات اللازمة للبدء بأعمال الإدارة وذلك تفعيلاً للمادة رقم (23) من قواعد واجراءات المستودعات الحكومية الصادرة عن إدارة المشتريات الحكومية بوزارة المالية والاقتصاد الوطني وهي جهة رقابة داخلية لها العديد من الخصائص ومنها مراقبة وتصنيف ما يتم تأمينه وصرفه وإرجاعه من الأصناف في جميع مستودعات الجامعة وجهاتها وإعداد الدراسات اللازمة لتحديد الكمية الاقتصادية للتخزين ومستوياته والسعي لتطبيق آلية حركته للمحافظة على المال العام ليستفيد منه الجميع .
إضافة لحفظ قيود عهدة المرافق والموظفين لكل ما يصرف من الاصناف المستديمة وإجراءات الجرد المفاجئ والمتابعة الدورية للأرصدة بجميع المستودعات ومتابعة عملها حسب اللوائح والأنظمة .