أنشئت عمادة شؤون المكتبات بقرار المجلس الأعلى للجامعة رقم (17) في دورته المنعقدة في 17/11/1396هـ، بهدف الإشراف على المكتبة المركزية بالجامعة والمكتبات الفرعية في الجهات التعليمية التابعة، وتتكئ العمادة على خبرة بلغت أكثر من (60) عاما؛ حيث تزامن افتتاح المكتبة المركزية مع افتتاح الجامعة الإسلامية عام 1381هـ، وبهذا الوعي المبكر تراكمت في العمادة الخبرات، وتوافرت لديها الإمكانات التي حفزها زوار المكتبة المركزية الذي يمثلون معظم دول العالم.