تختص إدارة الجمعيات العلمية والكراسي العلمية في الجامعة الإسلامية بالإشراف على الجمعيات والكراسي العلمية ومجالس إدارتها ولجانها التأسيسية، ودراسة المعاملات المحالة من قبل الجمعيات والكراسي العلمية وتوجيهها لإدارات الجامعة المختصة،وتقديم المقترحات لتطوير عمل الجمعيات والكراسي العلمية، وإجراء الدراسات لتطوير وتحسين عمل الإدارة، تحديد إجراءات العمل في الإدارة، وضع معايير التوصية بإنشاء جمعيات وكراسي علمية، العمل على تطوير القواعد المنظمة للجمعيات والكراسي العلمية، إعداد لائحة لتحفيز الجمعيات والكراسي العلمية وتحسين مخرجاتها.