تُعد الأمانة العامة لأوقاف الجامعة بأوقاف الجامعة التي أُنشأت في شهر رمضان المبارك من عام ١٤٤٣ هـ وهي تتمتع بشخصية معنوية مستقلة التي تخولها حق التملك والتصرف، بإدارة وإشراف مجلس النظارة، وتُجري معاملاتها وفق الضوابط الشرعية والنظامية والممارسات المهنية المتعارف عليها بما لا يتعارض مع شرط الواقف، ومقر إدارتها داخل الجامعة.